在发包合同约定仲裁且发包人明知挂靠的情况下，挂靠人一般不能直接起诉发包人，但特定条件下可以主张工程款。具体分析如下：

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同相对性原则，合同上谁署名盖章谁就是合同的当事方，有权要求另一方履行义务。在挂靠情况下，承包合同通常显示的是被借用公司的名字，因此挂靠人个人并非合同的直接当事方。

2. 特定条件下的直接主张权利：

   • 然而，在特定条件下，挂靠人有可能直接向发包人主张权利。例如，如果发包人明知挂靠事实存在，并且挂靠人能够证明自己是实际施工人，那么挂靠人有可能直接向发包人主张工程款。
   • 此外，如果出借资质的公司（被挂靠方）怠于履行权利，挂靠人也可以考虑提起代位权诉讼来直接向发包人主张权利。

3. 法律依据：

   • 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关法律法规，并未直接规定挂靠人可以直接向发包人主张工程款，但也没有完全排除这种可能性。
   • 在司法实践中，法院可能会根据具体情况，如发包人是否明知挂靠事实、挂靠人是否为实际施工人等，来判断挂靠人是否有权直接向发包人主张权利。

4. 仲裁条款的约束：

   • 需要注意的是，如果发包合同中明确约定了仲裁条款，那么在任何情况下，当事人都应当首先通过仲裁方式解决争议，而不是直接向法院起诉。
   • 挂靠人在考虑直接向发包人主张权利之前，应当先审查合同中是否存在有效的仲裁条款，并评估通过仲裁方式解决争议的可能性和成本。

综上所述，在发包合同约定仲裁且发包人明知挂靠的情况下，挂靠人一般不能直接起诉发包人。但在特定条件下，如发包人明知挂靠事实且挂靠人能证明自己是实际施工人时，挂靠人有可能直接向发包人主张工程款。不过，在任何情况下，当事人都应当首先遵守合同中的仲裁条款，通过仲裁方式解决争议。