挂靠单位在挂靠协议与被挂靠单位存在仲裁条款的情况下，一般不能直接起诉发包方，但存在例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁条款的效力范围
仲裁条款是合同双方约定将争议提交仲裁机构解决的条款。在挂靠关系中，若挂靠单位与被挂靠单位之间签订了包含仲裁条款的挂靠协议，则该仲裁条款原则上仅对挂靠单位与被挂靠单位具有约束力。这意味着，挂靠单位与被挂靠单位之间的争议应通过仲裁方式解决，而非诉讼。
二、挂靠单位与发包方的法律关系
挂靠单位与发包方之间通常不存在直接的合同关系。挂靠单位是通过被挂靠单位与发包方发生业务往来的。因此，在一般情况下，挂靠单位无权直接以自己的名义起诉发包方。这是因为，起诉权通常基于合同关系或侵权关系产生，而挂靠单位与发包方之间既无合同关系，也无直接的侵权关系（除非存在特殊情况，如发包方直接侵害了挂靠单位的权益）。
三、例外情形：挂靠单位可直接起诉发包方的情况
尽管存在上述一般原则，但在某些特定情况下，挂靠单位可能有权直接起诉发包方：
发包方明知挂靠事实并直接与挂靠单位发生业务往来：
- 若发包方在明知挂靠关系的情况下，直接与挂靠单位发生业务往来（如直接向挂靠单位支付工程款、接受挂靠单位提供的工作成果等），则可能视为发包方与挂靠单位之间形成了事实上的合同关系。
- 在此情况下，挂靠单位可能有权基于事实合同关系直接起诉发包方。
挂靠单位与被挂靠单位之间的仲裁条款不影响挂靠单位对发包方的诉权：
- 仲裁条款是挂靠单位与被挂靠单位之间的约定，原则上不影响挂靠单位对第三方（如发包方）的诉权。
- 若挂靠单位认为发包方存在违约或侵权行为，且该行为与挂靠单位直接相关，则挂靠单位可能有权直接起诉发包方。但需注意，此时起诉的依据并非挂靠协议中的仲裁条款，而是基于其他法律关系（如合同关系、侵权关系等）。
法律或司法解释的特别规定：
- 在某些特定情况下，法律或司法解释可能赋予挂靠单位直接起诉发包方的权利。例如，在建设工程领域，若挂靠单位实际完成了工程并遭受了损失，而发包方未履行相应义务（如未支付工程款），则挂靠单位可能有权依据相关法律或司法解释直接起诉发包方。
四、判例参考
在司法实践中，存在挂靠单位直接起诉发包方并获得法院支持的判例。这些判例通常基于以下事实和理由：
- 发包方明知挂靠事实并直接与挂靠单位发生业务往来；
- 挂靠单位实际完成了工程并遭受了损失；
- 发包方未履行相应义务（如未支付工程款）。
建议：
- 审查挂靠协议和仲裁条款：挂靠单位应仔细审查挂靠协议和仲裁条款的内容，明确其权利和义务。
- 收集证据：若挂靠单位认为发包方存在违约或侵权行为，并打算直接起诉发包方，则应收集相关证据以支持其主张。
- 咨询专业律师：由于法律问题具有复杂性和专业性，建议挂靠单位在起诉前咨询专业律师的意见，以确保其诉讼行为的合法性和有效性。
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