收取技术服务费代替加盟费是否合法，取决于合同的具体内容及相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同内容的决定性作用

1. 合法情况：

   • 如果在合同中明确规定了技术服务费，并且加盟店在签订合同时已经知晓和接受了这种收费方式，那么收取技术服务费是合法的。这种情况下，即使技术服务费实质上代替了加盟费，只要双方达成一致并明确约定，就符合合同自由原则。

2. 不合法情况：

   • 如果合同中没有关于技术服务费的相关规定，或者加盟店在签订合同时并未被告知需要支付此费用，那么商家在结算时扣除技术服务费就可能构成违约，这种收费方式则不合法。

二. 加盟费与服务费的法律区别

• 加盟费：在法律上称为“特许经营费用”，是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业（特许人），以合同形式将其拥有的经营资源许可其他经营者（被特许人）使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付的费用。
• 服务费：通常指企业按业主要求，派遣专业技术人员、专家等，为承担项目的技术指导、咨询等提供的服务，并按合同或协议规定向业主收取的费用。服务费与加盟费在性质上有明显区别，不能随意替代。

三. 实际案例与司法实践

• 在实际案例中，即使加盟公司有意将“加盟费”的名称写成服务费、咨询费、品牌使用费、合作费用等，以规避相关法律规定，法院在审理时也会参考合同约定的权利义务，来确定是否属于“加盟合同”，从而适用加盟的特殊规定。如果实质上符合加盟合同的特征，那么这些费用仍可能被认定为加盟费。

四. 我的观点

• 我建议商家在收取任何费用时，都应在合同中明确约定，并确保双方对此达成一致。对于加盟店而言，在签订合同时应仔细阅读合同条款，确保自己的权益不受损害。如果商家以技术服务费代替加盟费且未明确告知，加盟店有权要求商家进行解释或修改合同条款，必要时可通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，收取技术服务费代替加盟费是否合法，关键在于合同的具体内容及相关法律规定。双方应确保合同内容的明确性和合法性，以避免不必要的法律纠纷。