结论：电商区代加盟收取费用是否合法，需根据具体情况判断，主要看是否符合相关法律法规的规定以及双方合同的约定。以下从多个角度进行分析：
一、合法性基础
合同自由原则：
- 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。只要双方自愿、平等地达成协议，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即具有法律效力。
- 因此，如果电商区代加盟合同中明确约定了加盟费用的收取标准、方式等，且该约定不违反法律法规，那么收取费用就是合法的。
商业特许经营管理条例：
- 根据《商业特许经营管理条例》的相关规定，特许人（即品牌方或授权方）在开展特许经营活动时，应当遵循诚实信用的原则，不得有欺诈、强迫等行为。
- 同时，特许人应当向被特许人（即加盟商）提供真实、准确、完整的信息，包括特许经营的费用、收益预测等。
- 如果电商区代加盟活动符合这些规定，且加盟费用的收取是合理、透明的，那么就是合法的。
二、可能存在的违法情形
欺诈行为：
- 如果特许人在收取加盟费用时，存在虚构事实、隐瞒真相等欺诈行为，导致被特许人陷入错误认识并作出加盟决定，那么这种收取费用的行为就是违法的。
- 例如，特许人承诺提供某种独家技术或市场支持，但实际上并未提供或提供的与承诺不符。
强迫交易：
- 如果特许人利用优势地位或采取其他手段，强迫被特许人接受不合理的加盟费用或其他条件，那么这种行为也是违法的。
- 例如，特许人要求被特许人必须购买指定的高价设备或原材料，否则就不授予加盟资格。
违反价格法规：
- 如果加盟费用的收取违反了国家关于价格管理的法律法规，如价格欺诈、价格垄断等，那么这种行为也是违法的。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订电商区代加盟合同前，被特许人应仔细审查合同条款，特别是关于加盟费用的收取标准、方式、退还条件等。
- 确保合同条款明确、合理，且符合相关法律法规的规定。
了解特许人资质：
- 被特许人应了解特许人的资质和信誉情况，包括其是否具备开展特许经营活动的资格、是否有良好的商业信誉等。
- 可以通过查询相关政府部门或行业协会的网站、咨询其他加盟商等方式进行了解。
寻求法律帮助：
- 如果在签订合同或履行合同过程中遇到纠纷或疑问，被特许人应及时寻求法律帮助，咨询专业律师的意见。
- 律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助被特许人维护自身合法权益。
总结：电商区代加盟收取费用是否合法，需根据具体情况判断。在签订合同前，被特许人应仔细审查合同条款、了解特许人资质，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。