民事调解书和地方政府法规冲突时，一般应遵循上位法优于下位法、特别法优于一般法、新法优于旧法等法律适用原则。具体来说：
法律位阶原则：民事调解书是基于双方当事人自愿达成的协议，由人民法院依法制作并确认其法律效力的文书。而地方政府法规是由地方国家权力机关或行政机关制定的规范性文件。在法律位阶上，国家法律、行政法规的效力高于地方性法规。因此，如果民事调解书的内容与地方政府法规相冲突，且涉及的是国家法律、行政法规已有明确规定的事项，原则上应优先适用国家法律、行政法规的规定。
特别法优于一般法：如果民事调解书涉及的事项属于特定领域，且有专门的法律、行政法规或司法解释对其作出规定，那么这些特别法的规定应优先于一般性的地方政府法规适用。
新法优于旧法：在法律适用过程中，如果新的法律、行政法规或司法解释与旧的地方政府法规在内容上存在冲突，那么应遵循新法优于旧法的原则，适用新的规定。
实际情况考量：在具体案件中，还需要考虑民事调解书的具体内容、地方政府法规的制定目的以及案件的社会效果等因素。如果民事调解书的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且有利于维护社会稳定和当事人合法权益，那么可以在一定程度上尊重民事调解书的效力。
综上所述，民事调解书与地方政府法规冲突时，应综合考虑法律位阶、特别法优于一般法、新法优于旧法等原则，并结合案件具体情况进行裁决。如有具体案件需要分析，请直接向我提供详细案情，我将为你提供更具体的法律建议。