你可以首先尝试与公司进行协商，若协商无果，可以向市场监管部门投诉，或者通过法律途径起诉该公司。针对你的情况，具体分析如下：

一. 与公司协商

• 在发现问题后，第一步应尝试与公司进行友好协商，明确表达你的诉求，即要求退还已支付的费用或继续办理工程师证件。
• 协商过程中，可以保留相关的沟通记录，如电话录音、短信、邮件等，作为后续维权的证据。

二. 向市场监管部门投诉

• 如果协商无果，你可以向当地的市场监管部门（如工商局、消费者协会等）投诉该公司的行为。
• 投诉时，需要提供详细的证据材料，包括与公司签订的合同、支付凭证、沟通记录等，以证明公司的违约行为。
• 市场监管部门会对投诉进行调查，并根据调查结果采取相应的处理措施，如责令公司退还费用、对公司进行行政处罚等。

三. 通过法律途径起诉

• 如果上述方式均无法解决问题，你可以考虑通过法律途径起诉该公司。
• 在起诉前，需要准备充分的证据材料，包括合同、支付凭证、沟通记录等，并咨询专业律师了解相关的法律程序和诉讼风险。
• 起诉后，法院会对案件进行审理，并根据事实和法律作出判决。如果判决支持你的诉求，你可以要求公司履行判决，退还费用或继续办理证件。

我建议：在维权过程中，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，注意保留好所有相关的证据材料，以便在需要时提供证明。如有进一步需要，你可以继续咨询我。