不能仅凭商家不承认就定性为商家购买的医疗器械。在处理此类问题时，需要综合考虑多个因素，包括证据收集、法律规定以及实际情况。以下是对此问题的详细分析：

一. 证据收集的重要性

在判断医疗器械是否为商家购买时，首要任务是收集充分的证据。这些证据可能包括但不限于：

1. 购物凭证：如发票、收据、购物小票或电子订单记录等，这些凭证能直接证明购买行为。
2. 商品照片或视频：拍摄商品照片或视频，以证明购买行为及商品状况。
3. 证人证言：如有其他人在购买时在场，可请其提供证明。

二. 法律规定的考量

1. 交易自愿平等原则：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十六条，交易是自愿平等的，经营过程中不能存在强买或者强卖的行为。这意味着，即使商家不承认购买行为，也不能直接定性为商家购买，除非有确凿的证据支持。
2. 诈骗罪的认定：供货后对方否认收货并不等于诈骗。若要判定为诈骗罪，需符合多个要素，包括行为人有非法占有的目的、通过欺诈手段误导他人处分财产、获得财产以及给受害方带来财产损失。在缺乏这些要素的情况下，不能轻易将商家的否认行为定性为诈骗。

三. 实际情况的分析

在处理此类问题时，还需考虑实际情况。例如，商家可能因各种原因（如误记、管理不善等）而否认购买行为。此时，应通过进一步的调查核实来确定真相。

综上所述，不能仅凭商家不承认就定性为商家购买的医疗器械。在处理此类问题时，应依法收集证据、考虑法律规定并结合实际情况进行综合分析。如有必要，可寻求相关部门的协助或采取法律途径解决争议。

我建议：在发现类似情况时，首先应保持冷静并尽可能收集证据。随后，可与商家进行协商解决；若协商无果，可向当地消费者协会或市场监管部门投诉；若问题仍未得到解决，可考虑向法院提起诉讼以维护自身权益。