公司制医疗机构地方卫健部门在不符合条件的情况下可以不予批准。以下是具体的分析：
一. 医疗机构设置审批的权限与流程
审批权限：根据《医疗机构管理条例》（国务院令第149号）第九条，单位或者个人设置医疗机构，必须经县级以上地方人民政府卫生行政部门审查批准，并取得设置医疗机构批准书，方可向有关部门办理其他手续。这表明，地方卫健部门具有对医疗机构设置进行审批的权限。
审批流程：依据《医疗机构管理条例实施细则》以及《行政许可法》的相关规定，地方卫健部门在审批医疗机构设置时，需按照受理、审查、决定、送达等流程进行。其中，审查阶段包括审核材料的真实性和合法性，以及可能的现场审核。
二. 不予批准的情况
材料不真实或不合法：如果申请机构提交的材料存在不真实或不合法的情况，地方卫健部门有权不予批准。这是基于《行政许可法》以及《医疗机构管理条例实施细则》中关于材料审查的规定。
不符合当地医疗机构设置规划：地方卫健部门在审批时，还需考虑当地《医疗机构设置规划》。如果申请机构的设置不符合该规划，地方卫健部门同样可以不予批准。
其他不符合规定的情况：除了上述两种情况外，如果申请机构在其他方面不符合相关法律法规或政策的要求，如技术水平、服务质量等不达标，地方卫健部门也有权不予批准。
综上所述，公司制医疗机构在申请设置时，需要满足一系列的条件和要求。如果申请机构在某些方面不符合这些条件和要求，地方卫健部门有权不予批准其设置。因此，公司制医疗机构地方卫健部门在不符合条件的情况下可以不予批准。如有进一步需要，您可以继续咨询我。