员工中途转合伙人，专项附加扣除的处理方式需根据具体情况而定，但一般可继续在年度汇算清缴时享受或调整。

一. 专项附加扣除的连续性

1. 政策依据：根据《个人所得税专项附加扣除暂行办法》的相关规定，专项附加扣除在纳税年度内是连续享受的，不因个人身份的转变（如员工转合伙人）而中断。
2. 具体应用：员工在转为合伙人后，如果其之前已经享受的专项附加扣除条件未发生变化（如子女教育、房贷等），则可以继续享受相应的扣除。

二. 年度汇算清缴时的调整

1. 政策依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，纳税人在一个纳税年度内取得的综合所得，应在次年3月1日至6月30日内办理汇算清缴。
2. 具体应用：员工转为合伙人后，在次年进行个人所得税汇算清缴时，可以根据其全年实际享受的专项附加扣除情况，对预扣预缴的税款进行多退少补。如果转为合伙人后收入性质或扣除项目发生变化，可以在汇算清缴时进行相应的调整。

三. 实际操作建议

1. 及时了解政策：建议员工在转为合伙人后，及时了解相关的税收政策，特别是关于专项附加扣除的规定。
2. 保持信息更新：如果专项附加扣除的条件发生变化（如子女毕业、房贷还清等），应及时向税务机关或扣缴义务人更新相关信息。
3. 妥善保留资料：为确保专项附加扣除的合法性，建议妥善保留相关的证明材料，如子女教育费用发票、房贷合同等。

综上所述，员工中途转合伙人后，其专项附加扣除的处理方式需根据具体情况而定。但一般来说，只要专项附加扣除的条件未发生变化，就可以继续在年度汇算清缴时享受相应的扣除。如有进一步需要，您可以继续咨询我。