扣除绩效是否会记入档案，主要取决于公司内部的管理规定以及相关的法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一. 公司内部管理规定

1. 绩效扣除的记录：公司内部的绩效管理制度通常会明确规定绩效的考核标准、扣除条件以及扣除后的处理方式。如果制度中明确规定了扣除绩效会记入员工档案，那么实际操作中就会按照这一规定执行。
2. 档案管理的规范性：公司对于员工档案的管理也有相应的规定。一般来说，员工档案会记录员工的基本信息、工作表现、奖惩情况等。如果绩效扣除被视为一种对员工工作表现的负面评价，那么它有可能会被记入档案。

二. 相关法律法规

1. 《中华人民共和国劳动法》：该法律主要规定了劳动者的基本权利和义务，以及劳动合同的签订、履行、变更和解除等。虽然劳动法没有直接规定绩效扣除是否必须记入档案，但它强调了用人单位应当建立和完善劳动规章制度，保障劳动者的合法权益。
2. 《中华人民共和国档案法》：该法律主要规定了档案的管理、利用和保护等。对于员工档案的管理，档案法要求用人单位应当真实、准确地记录员工的情况，但并未具体规定绩效扣除是否必须记入档案。

三. 综合分析

结合公司内部管理规定和相关法律法规，我们可以得出以下结论：

• 如果公司内部的绩效管理制度明确规定扣除绩效会记入档案，并且这一规定不违反相关法律法规，那么扣除绩效就会记入档案。
• 如果公司内部的绩效管理制度没有明确规定，或者规定与相关法律法规相冲突，那么用人单位在决定是否将扣除绩效记入档案时，应当谨慎考虑，确保不违反法律法规，并充分保障员工的合法权益。

我建议，您具体查看所在公司的绩效管理制度和档案管理规定，以了解扣除绩效是否会记入档案。同时，如果您对相关规定有疑问或不满，可以与用人单位进行沟通，或者咨询当地的劳动监察部门。如有进一步需要，您可以继续咨询我。