首先，我们明确一下问题的核心：甲方应付乙方10000元，且税费由甲方承担，那么甲方应该如何付款。

结论：甲方在付款时，需要先将10000元款项与应承担的税费相加，计算出总金额，然后按照这个总金额向乙方进行支付。

具体步骤：

1. 计算税费：甲方需要根据相关税法规定，计算出10000元款项所对应的税费金额。这个税费金额可能会因税率、税种以及甲乙双方的具体身份（如是否为一般纳税人等）而有所不同。

2. 确定总金额：将10000元款项与计算出的税费金额相加，得出甲方需要支付的总金额。

3. 进行支付：甲方按照确定的总金额，通过银行转账、支票、现金等方式向乙方进行支付。在支付时，应确保支付金额与总金额一致，并保留好支付凭证。

注意事项：

• 甲方在支付款项时，应确保税费已经正确计算并包含在内，以避免后续因税费问题产生纠纷。
• 如果甲乙双方对税费计算或支付方式有特别约定，应按照约定执行。
• 甲方在支付后，应妥善保管支付凭证，以备不时之需。

希望这个解答能够帮助你清楚地了解甲方在付款时应该如何操作。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，欢迎随时向我提问。