竣工结算文件未按照单项工程编制，应首先检查合同条款，明确责任归属，并尽快与合同对方协商解决。具体分析如下：

一. 检查合同条款

• 法律依据：《中华人民共和国建筑法》第十八条规定，建筑工程造价应当按照国家有关规定，由发包单位与承包单位在合同中约定。这意味着，竣工结算文件的编制方式也应在合同中有所体现。
• 分析：首先，应仔细审查合同，查看是否有关于竣工结算文件编制方式的具体约定。如果合同中明确规定了应按照单项工程编制竣工结算文件，那么未按照此方式编制即违反了合同约定。

二. 明确责任归属

• 分析：根据合同条款的约定，可以确定是哪一方未按照要求编制竣工结算文件。如果是承包单位未按照合同约定编制，那么其应承担相应的违约责任；如果是发包单位未提供必要的条件或信息导致无法按单项工程编制，那么发包单位也应承担一定的责任。

三. 与合同对方协商解决

• 建议：在明确责任归属后，应尽快与合同对方进行沟通，协商解决方案。可以尝试通过补充协议的方式，对竣工结算文件的编制方式进行调整，或者对已经编制的竣工结算文件进行修改，以符合合同要求。
• 注意事项：在协商过程中，应保留好所有沟通记录，包括邮件、电话记录等，以备后续可能出现的争议解决之需。

四. 法律途径解决争议

• 分析：如果双方无法就竣工结算文件的编制问题达成一致，那么可以通过法律途径解决争议。根据合同约定或相关法律规定，可以向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
• 建议：在采取法律途径前，应充分评估自身权益和可能面临的风险，并咨询专业律师的意见。

我建议，在发现竣工结算文件未按照单项工程编制时，首先应保持冷静，通过检查合同条款、明确责任归属，并与合同对方积极协商，寻求妥善解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。