事实劳动关系确实可以申请仲裁。下面我为您详细解释一下：

一、事实劳动关系的定义

事实劳动关系指的是用人单位与劳动者之间虽然未签订书面劳动合同，但实际上已经履行了劳动权利义务所形成的关系。这种关系在法律上同样受到保护。

二、申请仲裁的法律依据

根据相关法律规定，因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议，都适用劳动仲裁前置程序。这意味着，如果劳动者与用人单位之间存在事实劳动关系，并且发生了劳动争议，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

三、申请仲裁的流程

1. 准备证据：在申请仲裁前，劳动者需要准备能够证明存在事实劳动关系的证据，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等。
2. 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出申请，并提交仲裁申请书和相关证据材料。
3. 仲裁审理：仲裁委员会受理后，会按照法定程序进行审理，并作出裁决。
4. 后续处理：如果劳动者对仲裁结果不服，除部分一裁终局案件外，可以在规定期限内向法院提起诉讼。

四、实例说明

以小李的案例为例，他在一家小公司工作，虽然未签订书面劳动合同，但实际上为公司付出了劳动。离职时，与公司就工资及补偿问题产生纠纷。小李收集了工资条、考勤记录等证据，申请仲裁后，成功维护了自己的权益，拿到了应得的工资和补偿。

综上所述，事实劳动关系是可以申请仲裁的。如果您在实际工作中遇到了类似的问题，不妨先尝试与用人单位协商解决；如果协商不成，可以寻求调解组织的帮助；如果调解仍然无法解决问题，那么申请仲裁将是一个有效的法律途径来维护您的合法权益。如果您在申请仲裁过程中遇到任何困难或疑问，都可以直接向我咨询。