国企协商离职补偿金时军龄不算工龄，这一做法是否违法，需要具体分析。

首先，我们要明确工龄和军龄的概念及其在法律上的意义。工龄通常指的是劳动者在用人单位连续工作的时间，它关系到劳动者的权益，如工资、休假、退休等。而军龄则是指军人在军队中服役的时间，它通常与军人的退役安置、待遇等相联系。

接下来，我们分析国企在协商离职补偿金时是否可以将军龄排除在外。这主要取决于以下几个方面的因素：

1. 法律法规的规定：

   • 一般情况下，法律法规并未明确规定离职补偿金必须包含军龄。离职补偿金的计算通常基于劳动者在用人单位的实际工作年限和劳动合同约定的标准。
   • 但是，如果地方有特别规定或者国企内部有相关政策将军龄计入工龄，并据此计算离职补偿金，那么国企在协商时就应当遵守这些规定或政策。

2. 劳动合同的约定：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间权利义务的协议。如果劳动合同中明确约定了离职补偿金的计算方式，并且将军龄计入其中，那么国企在协商时就应当遵循劳动合同的约定。

3. 公平合理的原则：

   • 即便法律法规和劳动合同没有明确规定，国企在协商离职补偿金时也应当遵循公平合理的原则。如果军龄对劳动者的职业生涯和贡献有重要影响，且国企在招聘时承诺将军龄视为工龄的一部分，那么国企在协商离职补偿金时就应当考虑这一因素。

综上所述，国企协商离职补偿金时军龄不算工龄是否违法，取决于具体的法律法规、劳动合同的约定以及公平合理的原则。如果国企的做法违反了相关法律法规或劳动合同的约定，或者显失公平，那么这一做法就是违法的。因此，建议你在与国企协商离职补偿金时，详细了解相关法律法规和劳动合同的规定，并据理力争，维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。