重大案件讯问合法性核查并非仅针对羁押犯罪嫌疑人，也包括非羁押犯罪嫌疑人。以下是详细分析：

一. 法律依据

• 根据《关于重大案件讯问合法性核查工作若干问题的意见》第二条：“重大案件讯问合法性核查的适用范围是公安机关、国家安全机关和监察机关办理的重大案件”。此条并未将非羁押犯罪嫌疑人排除在外。

二. 核查内容

• 讯问合法性核查主要关注讯问过程中是否存在刑讯逼供、非法取证等违法行为。这些核查内容并不因犯罪嫌疑人是否被羁押而有所区别。无论犯罪嫌疑人是否被羁押，讯问过程的合法性都是核查的重点。

三. 核查程序

• 核查程序包括由人民检察院负责对重大案件讯问合法性进行核查，并可以通过查阅讯问笔录、录音录像、体检记录等方式进行。这些核查程序同样适用于非羁押犯罪嫌疑人。

四. 实例说明

• 例如，在某重大诈骗案件中，有一名犯罪嫌疑人在未被羁押的情况下接受了讯问。此时，人民检察院仍然需要对讯问的合法性进行核查，以确保讯问过程中没有违法行为发生。

综上所述，重大案件讯问合法性核查并非仅针对羁押犯罪嫌疑人，而是适用于所有重大案件的讯问过程，包括非羁押犯罪嫌疑人。如有进一步需要，您可以继续咨询我。