小组长工资由村集体发放是否合法，需根据具体情况判断。以下是详细分析：

一. 小组长身份与工资发放主体的关系

1. 小组长的身份：小组长通常是在村、社区等基层组织中，负责一定范围内管理工作的职务。其身份可能属于村民自治组织的一员，也可能由上级组织任命或选举产生。
2. 工资发放主体的合法性：工资发放主体应与小组长的身份和职责相匹配。如果小组长是村集体组织的一员，且其工作性质、职责与村集体紧密相关，那么村集体作为工资发放主体是合理的。

二. 相关法律法规的考量

1. 《中华人民共和国村民委员会组织法》：该法规定了村民委员会的组成、职责及村民自治的相关内容。小组长作为村民自治组织的一部分，其工资发放应遵循村民自治的原则，并符合相关法律法规的规定。
2. 《中华人民共和国劳动法》：虽然小组长可能不属于传统意义上的劳动者，但如果其与村集体之间形成了劳动关系或雇佣关系，那么其工资发放也应遵循劳动法的相关规定，如工资标准、支付方式等。

三. 具体情况分析

1. 如果小组长是村集体组织的一员，且其工作性质、职责与村集体紧密相关：在这种情况下，村集体作为工资发放主体是合法的。例如，小组长负责村集体的日常管理、协调村民关系等工作，村集体根据小组长的工作表现和贡献发放工资，这是符合法律法规的。
2. 如果小组长与村集体之间不存在直接的劳动关系或雇佣关系：例如，小组长是由上级组织任命或选举产生的，且其工作性质、职责与村集体无直接关联，那么村集体作为工资发放主体可能就不合法。此时，应根据小组长的实际身份和职责，确定合适的工资发放主体。

综上所述，小组长工资由村集体发放是否合法，取决于小组长的身份、职责以及与村集体的关系。如果小组长是村集体组织的一员，且其工作性质、职责与村集体紧密相关，那么村集体作为工资发放主体是合法的。反之，则可能不合法。如有进一步需要，您可以继续咨询我。