关于“城镇开发边界内的设施农用地是否可以备案”的问题，首先我们需要明确几个核心概念和相关政策。

城镇开发边界主要是为了划定城镇建设的适宜范围，实现城镇空间的合理布局。这一边界内既有建设用地，也有非建设用地，具体的管理和划分需要依据城镇规划和土地利用规划来进行。

设施农业用地，作为农业用地的一种特殊类型，其选址和使用需要符合国土空间规划的要求。根据广东省自然资源厅的回复，设施农业用地的选址应首先符合国土空间规划，乡镇人民政府在收到用地申请后，需要组织相关方对设施农业用地的使用条件、恢复要求及违约责任等进行协商一致，然后方可签订用地协议和进行备案。

再来看自然资源部关于城镇开发边界管理的通知。该通知强调了城镇开发边界的严肃性和权威性，要求各地切实将“三区三线”划定成果作为不可逾越的红线，并严格规范了城镇开发边界的全生命周期管理。这意味着，在城镇开发边界内的任何用地行为，都需要严格遵循相关规划和政策要求。

综合以上信息，我们可以得出以下结论：

1. 城镇开发边界内的设施农用地，在符合国土空间规划和相关用地政策的前提下，是可以进行备案的。
2. 备案前需要确保设施农用地的选址和使用条件等已经过相关部门的审核和批准，并与相关方协商一致。
3. 在进行设施农用地的备案时，应严格遵守国家和地方的相关政策和法规，确保用地的合法性和合规性。

因此，如果您计划在城镇开发边界内申请设施农用地备案，建议先咨询当地自然资源主管部门或相关部门，了解具体的政策要求和办理流程，以确保您的用地行为符合相关规定。