工厂扣物料损耗费是否合法，需具体情况具体分析。

1. 若扣费有合法依据：

   • 工厂在劳动合同、员工手册或相关规章制度中明确规定了物料损耗费的扣除标准、方式及条件，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，也不存在显失公平的情况，那么工厂按照这些规定扣除物料损耗费是合法的。
   • 例如，工厂规定因员工个人原因导致的物料损耗，且损耗超过一定额度时，可以从工资中扣除相应费用，这样的规定在合理范围内且经过员工同意，则扣费行为合法。

2. 若扣费无合法依据或存在违法情形：

   • 工厂未事先告知员工或未经员工同意就擅自扣除物料损耗费，或者扣费标准、方式不合理，甚至存在恶意扣费的情况，那么这样的扣费行为是不合法的。
   • 例如，工厂无正当理由随意扣除员工工资作为物料损耗费，或者扣费标准过高，远超员工实际造成的损耗，这样的行为就涉嫌违法。

法律建议：

• 作为员工，如果认为工厂扣除物料损耗费的行为不合法，可以先与工厂进行沟通协商，要求工厂提供扣费依据并进行合理解释。
• 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者依法申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，员工应注意保留相关证据，如工资条、扣费通知、劳动合同等，以便在需要时提供证明。

总之，工厂扣物料损耗费是否合法，关键在于扣费行为是否有合法依据以及是否符合相关法律法规的规定。员工应了解自己的权益，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。