员工当然可以辞职。公司怀疑员工拿钱但又没有证据，这并不构成限制员工辞职的合法理由。下面我从几个角度为你详细分析这个问题：

1. 员工的辞职权利：

   • 根据《劳动合同法》，员工有权在任何时候提前通知雇主后辞职，这是员工的法定权利，不受公司无根据的怀疑影响。
   • 即使公司怀疑员工有不当行为，但在没有确凿证据的情况下，不能以此作为限制员工辞职的依据。

2. 公司怀疑的处理方式：

   • 公司如果怀疑员工有拿钱的行为，应该进行内部调查，查看财务记录，了解资金流向，或者与员工进行平和的沟通，并保留相关记录。
   • 如果内部调查无果，公司可以委托合法合规的专业调查机构进行进一步调查。
   • 在没有确凿证据之前，公司不应该随意宣扬员工的嫌疑，以免侵害员工的名誉权。

3. 员工的权益保护：

   • 如果公司无根据地怀疑员工并损害其名誉，员工有权要求公司恢复名誉，甚至可以通过法律途径追究公司的责任。
   • 员工在辞职时，也有权要求公司按照法律规定支付相应的经济补偿和结算工资等。

4. 辞职的注意事项：

   • 员工在辞职时，应该按照《劳动合同法》的规定，提前通知公司，并办理好相关的离职手续。
   • 如果公司因为员工的辞职而拖欠工资或者拒绝支付经济补偿，员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。

综上所述，公司怀疑员工拿钱但又没有证据，并不影响员工辞职的权利。员工在辞职时，应该依法行事，保护好自己的合法权益。如果你在这个过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询。