店长以销售不好为理由扣员工奖金，这一行为是否合法，取决于具体的劳动合同内容、公司规章制度以及相关法律法规。

1. 劳动合同内容：首先，需要查看劳动合同中是否明确规定了奖金的发放条件及扣罚规则。如果劳动合同中明确约定了奖金与销售业绩挂钩，并规定了具体的扣罚标准，那么店长根据合同约定扣罚奖金，在一定程度上是合法的。但如果劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确，店长单方面扣罚奖金则可能构成违法行为。

2. 公司规章制度：其次，公司规章制度也是判断店长行为是否合法的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了奖金的发放及扣罚规则，并且这些规则已经过员工同意或公示，那么店长依据规章制度扣罚奖金也是合法的。但同样，如果规章制度中没有相关规定，或者规定与法律法规相抵触，店长的扣罚行为则可能违法。

3. 相关法律法规：最后，根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，员工的工资、奖金等劳动报酬是受到法律保护的。用人单位不得无故克扣或者拖欠员工的工资、奖金等劳动报酬。因此，如果店长以销售不好为理由，无故扣罚员工的奖金，且没有合法的依据（如劳动合同或公司规章制度），那么这一行为是违法的。

综上所述，店长以销售不好为理由扣员工奖金是否合法，需要综合考虑劳动合同内容、公司规章制度以及相关法律法规。如果店长没有合法的依据，或者扣罚行为违反了法律法规，员工有权向劳动监察部门投诉，维护自己的合法权益。如果你在这方面有具体的法律问题，可以直接向我咨询。