关于“药流没医院证有协议书法院怎么判决”的问题，这主要涉及到非法行医、医疗责任以及协议的法律效力等多个方面。以下是我根据法律实务经验给出的分析：

1. 非法行医的认定与处理：

   • 如果进行药流手术的人员没有相应的医疗资质或医院证明，这可能构成非法行医。非法行医是违法的，且可能导致严重的法律后果，包括但不限于行政处罚、刑事责任等。
   • 在法院审理此类案件时，会重点考察行为人是否具有医疗资质、是否按照医疗规范进行操作等因素。

2. 协议书的法律效力：

   • 协议书作为双方自愿达成的约定，其法律效力取决于其内容是否合法、是否双方真实意思表示、是否违反法律法规的强制性规定等。
   • 如果协议书涉及非法内容，如掩盖非法行医行为、规避法律责任等，那么该协议书可能被视为无效。
   • 在有效的情况下，协议书可以作为法院判断双方权利义务的依据。但需要注意的是，协议书不能违反法律的基本原则和规定。

3. 法院可能的判决：

   • 如果法院认定存在非法行医行为，可能会依法对行为人进行处罚，并可能要求行为人承担相应的民事赔偿责任。
   • 对于协议书，法院会根据其内容、双方的意思表示以及法律法规的规定来判断其法律效力，并据此作出相应的判决。
   • 如果协议书被认定为有效，法院可能会按照协议书的约定来划分双方的责任和义务；如果协议书被认定为无效，法院则会根据法律法规和案件事实来作出判决。

综上所述，对于“药流没医院证有协议书法院怎么判决”的问题，法院会综合考虑非法行医的认定、协议书的法律效力以及案件的具体事实来作出判决。因此，具体判决结果会因案件情况的不同而有所差异。如果你面临此类法律问题，建议尽快咨询专业律师以获取更具体的法律建议。