结论：当判决书未约定房产但协议有约定时，处理方式主要取决于协议的性质、内容以及双方当事人的意愿，通常可以通过协商、申请强制执行（若协议具有强制执行力）或另行起诉（若协议存在争议）等方式来解决。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议性质与内容的影响
协议为离婚协议或调解协议等具有法律约束力的文件：
- 如果协议是在离婚过程中，双方自愿达成的关于房产分割的协议，并且该协议已经经过法院确认或调解书的形式固定下来，那么该协议通常具有法律约束力。
- 在这种情况下，即使判决书未提及房产，双方也应按照协议的约定来履行。如果一方不履行，另一方可以依据协议向法院申请强制执行。
协议为普通民事协议：
- 如果协议只是双方私下就房产分割达成的普通民事协议，并未经过法院确认或调解，那么该协议的执行力可能相对较弱。
- 在这种情况下，如果一方不履行协议，另一方可能需要通过另行起诉的方式，要求法院确认协议的效力，并判决对方履行协议。
二、双方当事人的意愿与协商
- 协商解决：无论协议的性质如何，双方当事人都可以首先尝试通过协商的方式来解决房产分割问题。如果双方能够达成一致意见，那么可以签订补充协议或进行房产过户等手续，以履行原协议或达成新的协议。
- 协商不成时的处理：如果协商不成，双方可以根据协议的性质和内容，选择申请强制执行（如果协议具有强制执行力）或另行起诉（如果协议存在争议或需要法院确认效力）。
三、法律程序与救济途径
申请强制执行：
- 如果协议已经经过法院确认或调解，并且具有明确的执行内容（如房产过户、支付款项等），那么在一方不履行时，另一方可以向法院申请强制执行。
- 申请强制执行时，需要提交执行申请书、生效的法律文书（如调解书、判决书等）以及被执行人的财产线索等材料。
另行起诉：
- 如果协议存在争议或需要法院确认效力，那么双方可以另行向法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，法院将审查协议的合法性、有效性以及双方当事人的意愿等因素，并作出判决。如果判决支持原协议的效力，那么双方应按照判决来履行；如果判决对原协议进行了修改或否定，那么双方应按照新的判决来履行。
四、实际操作中的注意事项
- 保留证据：在处理房产分割问题时，双方应保留好所有与协议相关的证据材料（如协议文本、签字确认的书面材料、转账记录等），以便在需要时向法院提供证明。
- 及时咨询律师：由于房产分割问题可能涉及复杂的法律关系和财产权益，因此双方在处理过程中应及时咨询专业律师的意见和建议，以确保自己的权益得到妥善保护。
建议：针对您的情况，我建议您首先仔细审查协议的性质和内容，确定其是否具有法律约束力。如果协议具有强制执行力，您可以考虑向法院申请强制执行；如果协议存在争议或需要法院确认效力，您可以考虑另行向法院提起诉讼。在处理过程中，务必保留好所有相关证据材料，并及时咨询专业律师的意见和建议。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。