员工补偿金是按照应得工资来计算的，而不是简单地按照底薪或实际到手工资（实发工资）来确定。应得工资是指劳动者在正常出勤情况下，用人单位按照劳动合同约定或规章制度规定，应当支付给劳动者的工资报酬。这包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入，但一般不包括加班工资。

在劳动纠纷中，如果涉及经济补偿，如解除劳动合同的经济补偿金，通常是按照劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资来计算。这里的平均工资就是应得工资，它反映了劳动者在正常工作情况下的全面收入状况。

因此，在计算员工补偿金时，需要考虑到劳动者的所有货币性收入，而不仅仅是底薪或实际到手工资。这样的计算方式更为公平合理，能够更全面地反映劳动者的实际收入情况，并确保他们在面临经济补偿时能够得到应有的待遇。