劳动合同主体变更至非关联企业，且原单位申请注销的情况下，劳动者的劳动合同关系将受到影响，需要依法处理。
劳动合同主体变更的法律分析：
- 劳动合同主体变更，意味着劳动者与原用人单位之间的劳动关系将终止，同时与新的用人单位建立劳动关系。
- 若新用人单位与原用人单位为非关联企业，则这种变更不属于企业内部的组织调整，而是涉及两个独立法人之间的劳动关系转移。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当经劳动者与用人单位协商一致，并采用书面形式。
原单位申请注销的法律影响：
- 原用人单位申请注销，意味着其法人资格将终止，无法再作为劳动合同的主体。
- 注销前，原用人单位需要依法进行清算，包括处理与劳动者的劳动关系，如支付工资、经济补偿等。
- 若原用人单位未依法处理与劳动者的劳动关系即申请注销，劳动者有权向相关部门投诉或提起诉讼，维护自己的合法权益。
劳动者的应对措施：
- 在劳动合同主体变更前，劳动者应与原用人单位和新用人单位就劳动关系的转移、工资待遇、工作年限计算等事项进行协商，并签订书面协议。
- 若原用人单位申请注销，劳动者应关注其清算进展，确保自己的劳动权益得到妥善处理。
- 如遇劳动权益受损，劳动者可依法向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁、诉讼。
综上所述，劳动合同主体变更至非关联企业且原单位申请注销是一个复杂的法律问题，涉及劳动关系的终止与建立、原用人单位的清算以及劳动者的权益保护等多个方面。劳动者应密切关注相关法律法规和政策变化，依法维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。