申请停工留薪期诊断证明的具体流程如下：
一、初步申请停工留薪期
及时报送诊断证明：
- 工伤职工在受伤后，应及时将工伤医疗机构出具的诊断证明报送所在单位。
- 诊断证明应明确职工的伤情、治疗建议以及预计的康复时间。
单位确定停工留薪期：
- 用人单位在收到工伤职工的诊断证明后，应根据协议医疗机构出具的诊断证明，并参照相关法规（如《山东省工伤职工停工留薪期分类目录》）来确定职工的停工留薪期限。
- 停工留薪期一般不超过12个月，但具体期限需根据职工的伤情和医疗机构的建议来确定。
二、延长停工留薪期申请（如需）
提前书面申请：
- 如果工伤职工在停工留薪期满时，伤情尚未稳定或未痊愈，不能恢复工作需要继续治疗，应在期满前5个工作日内向本单位提出延长停工留薪期的书面申请。
单位审核与申请：
- 用人单位在接到工伤职工的延长申请书后，应在7个工作日内持相关材料（如工伤认定决定书、住院或门诊病例、相关检查报告、协议医疗机构出具的休假证明、职工延长停工留薪期申请书等）向劳动能力鉴定委员会申请延长停工留薪期确认。
- 如果用人单位未在规定时间内提出申请，将视为同意延长停工留薪期。
等待劳动能力鉴定委员会确认：
- 劳动能力鉴定委员会在收到用人单位的申请后，将进行审查，并作出是否延长停工留薪期的确认。
- 确认结果将以书面形式通知工伤职工和用人单位。
三、注意事项
材料齐全：
- 在申请停工留薪期或延长停工留薪期时，应确保提交的材料齐全、准确，以避免因材料不全或错误而导致的申请延误或驳回。
遵守法规：
- 工伤职工和用人单位在申请停工留薪期时，应严格遵守相关法规和政策，确保申请的合法性和有效性。
及时沟通：
- 在申请过程中，工伤职工和用人单位应保持及时沟通，确保信息的准确性和传递的及时性。
综上所述，申请停工留薪期诊断证明需要工伤职工及时将诊断证明报送所在单位，由单位根据相关规定确定停工留薪期限。如需延长停工留薪期，应提前向单位提出书面申请，并由单位向劳动能力鉴定委员会申请确认。在整个过程中，应确保材料的齐全和准确性，并遵守相关法规和政策。