注册人员不足的施工企业，在投标时确实存在被废标的风险。以下是对这一问题的详细分析：
政策背景与变化：
- 根据住房城乡建设部2023年9月6日印发的《关于进一步加强建设工程企业资质审批管理工作的通知》(建市规〔2023〕3号)，各地需强化建筑业企业资质注册人员考核要求，并加大企业资质动态核查力度。
- 此前，《住房城乡建设部关于简化建筑业企业资质标准部分指标的通知》(建市〔2016〕226号)曾规定，除各类别最低等级资质外，取消对注册建造师等人员的指标考核。但根据最新的通知，这一规定已有所调整，即新的通知与旧通知不一致时，以新通知为准。
投标考核与资质要求：
- 在招标投标活动中，如果发现投标人资质异常、不符合招标文件明确的资格条件，或影响其履约能力，招标人及其组建的资格审查委员会、评标委员会、定标委员会可以对其投标不予认可。
- 因此，注册人员不足可能被视为资质不符合要求，从而导致投标被废标。
实际影响与建议：
- 施工企业应密切关注相关政策变化，确保企业资质与注册人员满足最新要求。
- 在投标前，应仔细审查招标文件中的资格条件，确保企业符合所有要求，避免因注册人员不足而被废标。
- 如遇政策调整或不确定情况，建议及时咨询当地住房城乡建设部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导。
综上所述，注册人员不足的施工企业在投标时确实存在被废标的风险。为确保投标成功，施工企业应密切关注政策变化，确保企业资质与注册人员满足要求，并在必要时寻求专业法律意见。