关于自然人之间工程转包或违法分包已经支付的管理费能否要回的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：
一、核心结论
在自然人之间进行的工程转包或违法分包中，已经支付的管理费一般难以追回，除非存在特定的法律情形。
二、法律背景与分析
合同无效性：
- 根据相关法律法规，自然人之间进行的工程转包或违法分包往往因违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为无效合同。
- 无效合同自始没有法律约束力，因此，基于该合同支付的管理费在法律上可能不被支持。
管理费的性质：
- 管理费通常被视为合同双方基于合同约定而支付的费用，其合法性取决于合同的效力。
- 在无效合同中，管理费作为合同的一部分，其支付可能不被法律认可。
法律后果：
- 合同无效后，双方应各自承担相应的法律后果，包括返还因合同取得的财产。
- 然而，在实际操作中，由于管理费可能已经用于项目管理、人员工资等支出，追回难度较大。
特定法律情形：
- 如果存在欺诈、胁迫等导致合同无效的情形，或者管理费支付存在显失公平的情况，受损害方可能有权请求法院或仲裁机构撤销合同或调整管理费数额。
三、法律建议
避免违法分包与转包：
- 自然人之间应严格遵守相关法律法规，避免进行工程转包或违法分包，以免引发法律纠纷。
谨慎签订合同：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保合同的合法性和有效性，避免因合同无效而导致管理费无法追回。
及时咨询专业律师：
- 如遇相关法律问题，应及时咨询专业律师，以便更好地维护自身合法权益。
综上所述，自然人之间工程转包或违法分包已经支付的管理费一般难以追回。因此，建议自然人之间在进行工程合作时，应严格遵守相关法律法规，谨慎签订合同，并及时咨询专业律师以规避法律风险。