在交通肇事罪的案件中，检察院在某些情况下是可以组织调解的。具体来说：
调解的法律依据：根据《刑事诉讼法》的规定，对于因民间纠纷引起的，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的，以及除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件，若犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解。这包括因民事纠纷所引发的交通肇事案件。
调解的程序：在双方自愿同意的基础上，检察机关可以主导调解。若双方最终就赔偿事宜达成一致意见，可以签署和解协议书。该和解协议书须由公安机关、人民检察院及人民法院共同主持制定，并需对和解过程中的自愿性与合法性进行严格审查。
调解的效力：虽然调解可以在一定程度上缓解双方的矛盾，但刑事责任的最终裁定仍然需要由法院依据法律规定进行公正审判。调解过程本身并不影响刑事追责程序的正常进行。
不适用调解的情况：对于那些在过去五年内曾犯有故意犯罪行为的犯罪嫌疑人、被告人，将不适用和解程序。
综上所述，在交通肇事罪的案件中，如果符合一定的条件，检察院是可以组织调解的。但需要注意的是，调解并不等同于免除刑事责任，而是双方在民事赔偿方面达成的一种和解。如果涉及刑事责任，仍然需要由法院进行公正审判。