在交通事故中，如果仅因保险杠撞了两个小洞而对方车主选择直接换新的配件，通常不能拒绝赔偿。以下是对此问题的详细分析：

1. 赔偿原则：交通事故赔偿遵循“恢复原状”的原则，即赔偿应使受损物品恢复到事故前的状态或功能。如果保险杠的损坏可以通过修复达到原状，那么赔偿应限于修复费用。然而，如果修复不可行或成本过高，更换新配件可能是合理的。

2. 评估损坏程度：对于保险杠的小洞，首先需要评估损坏的严重程度。如果小洞不影响保险杠的整体结构和安全性能，且修复成本相对较低，那么应优先考虑修复。但如果小洞导致保险杠结构受损或存在安全隐患，或者修复成本接近甚至超过更换新配件的费用，那么更换新配件可能是更合理的选择。

3. 协商与调解：在赔偿问题上，双方应首先进行协商。如果对方车主坚持更换新配件，而你认为修复即可，可以寻求第三方的评估或调解，如保险公司、交警部门或专业的汽车评估机构。这些第三方可以提供更客观的评估意见，帮助双方达成共识。

4. 法律途径：如果协商无果，双方可以通过法律途径解决争议。在这种情况下，法院会根据证据和法律规定来判断赔偿的合理性和必要性。因此，保留好相关证据（如事故现场照片、损坏评估报告等）对于维护自身权益至关重要。

综上所述，不能简单地因为对方车主选择更换新配件就拒绝赔偿。而是应根据损坏程度、修复成本和双方协商结果来确定合理的赔偿方式。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。