给公司开车发生事故，司机主责，商业险不够赔时，通常应由公司承担赔偿责任。以下是对此结论的详细解释：

1. 法律关系分析：

   • 司机作为公司的员工，在履行职务过程中发生交通事故，其行为通常被视为公司的行为。
   • 根据《民法典》等相关法律规定，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。

2. 保险赔偿与不足部分：

   • 商业险是公司为车辆购买的保险，用于赔偿因交通事故造成的损失。
   • 当商业险的赔偿限额不足以覆盖全部损失时，剩余部分应由公司承担。

3. 公司内部的规章制度：

   • 虽然公司可能内部有规定司机在某种情况下需要承担部分或全部损失，但这些规定不能违反法律法规的强制性规定。
   • 如果公司的规章制度与法律法规相冲突，应以法律法规为准。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果司机存在故意或重大过失，导致事故发生并造成重大损失，公司可能会根据内部规章制度或相关法律法规，要求司机承担部分或全部赔偿责任。
   • 但这种情况下，公司仍需先承担对外赔偿责任，然后再根据内部规定或法律途径向司机追偿。

综上所述，给公司开车发生事故，司机主责，商业险不够赔时，通常应由公司承担赔偿责任。如果司机存在故意或重大过失，公司可能会根据内部规章制度或相关法律法规要求司机承担部分或全部赔偿责任，但这不影响公司对外承担赔偿责任的义务。如果你对此问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。