公务员档案有问题并不直接影响辞职的权利。首先，我们需要明确一点，辞职是员工根据个人意愿主动与用人单位解除劳动关系的行为，这通常基于个人的职业发展、工作环境、薪资待遇等多方面的考虑。而档案问题，如内容不准确、材料缺失等，主要关联到个人的工作记录、学历、资历等信息的真实性和完整性，它更多地影响到的是个人的职业发展、职称评定、社保待遇等方面。

如果公务员发现自己的档案存在问题，首先应该做的是及时与档案管理部门或人事部门沟通，了解问题的具体情况，并寻求解决方案。这可能包括补充相关材料、更正错误信息或进行必要的调查核实。在这个过程中，公务员完全可以根据自己的意愿和情况，决定是否继续在当前岗位上工作。

如果公务员决定辞职，那么他应该按照正常的辞职流程进行。这通常包括提交辞职申请、与用人单位协商离职事宜、办理离职手续等。辞职过程中，用人单位会按照相关规定处理公务员的档案，确保其离职后的档案转递和保管符合规定。

总的来说，公务员档案有问题并不妨碍其辞职的权利。但需要注意的是，档案问题可能会对个人未来的职业发展产生一定影响，因此应该尽早解决。同时，在辞职过程中，公务员也应该遵守相关规定和流程，确保离职手续的顺利办理。