员工请事假两小时，用人单位通常可以拒绝支付这两小时的工资，但不得无故克扣其他工资。具体分析如下：
标准工时制下的处理：
- 对于实行标准工时制的员工，若其请事假两小时，用人单位可以按照员工的小时工资标准，拒绝支付这两小时的工资。小时工资的计算方式为：日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（21.75天）；小时工资 = 日工资 ÷ 8小时。
- 例如，员工月工资为5000元，则日工资约为230元，小时工资约为28.75元，因此请事假两小时，用人单位可以拒绝支付57.5元的工资。
特殊情况的处理：
- 如果员工请的是病假、产检假或其他带薪假期，根据法律法规及用人单位规定，通常享受带薪休假待遇，用人单位无权扣除这两小时的工资。
- 对于不定时工作制或计件工资制的员工，工资扣除方式可能因工作性质和用人单位的规章制度而有所不同，但同样应遵循合法、合理、公正的原则。
注意事项：
- 用人单位在扣除工资时，必须确保有明确的规章制度作为依据，且该规章制度已通过民主程序制定并向劳动者公示告知，内容不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果用人单位的扣除工资行为违法或违反劳动合同约定，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁以维护自身权益。
综上所述，员工请事假两小时，用人单位可以拒绝支付这两小时的工资，但应确保扣除行为的合法性和合理性。如果员工对扣除工资有异议，可以向用人单位提出质疑或向相关部门投诉。