特行许可证办理确实需要审查场所的合法性。以旅馆业为例，在申办特种行业许可证时，必须满足一系列关于场所合法性和安全性的条件。

首先，申办旅馆的房屋建筑、消防设施、出入口和通道必须符合安全规定。这意味着旅馆必须拥有固定、合法的营业场所，且房屋建筑质量和消防安全设施必须依法通过相关单位或部门的验收。如果利用人防工程开办旅馆，还需要征得政府人防主管部门的同意。

其次，旅馆房屋需具备独立的门户及通道，且不得位于已纳入拆迁规划范围内的房屋内。这是为了确保旅馆的稳定性和安全性，避免因为拆迁等原因导致经营中断或安全隐患。

此外，旅馆的总体布局也需要符合安全防范要求。例如，需要设置符合安全要求的贵重物品寄存室，并配备保险箱、储物柜等具备安全防范标准的防盗安全设施。客房门、窗也必须符合防盗要求，特别是底层、临街靠巷易攀爬、易侵袭的门窗，必须设置防盗设施。

在申请特种行业许可证的过程中，申请者还需要提供一系列证明材料，包括营业场所产权证明或使用权的有效证明文件、消防部门出具的符合消防安全的证明文件等。这些材料都是为了证明场所的合法性和安全性。

综上所述，特行许可证办理过程中确实会对场所的合法性进行审查，以确保经营活动的合法性和安全性。因此，在申请特行许可证前，建议申请者仔细了解相关法规和政策要求，并准备好相应的证明材料。