结论：法人有案底是否影响旅馆业特行证的办理，需结合案底性质、时间及当地具体规定综合判断，存在通过审核的可能，但部分情形下可能受限。

1. 案底性质与时间的影响
   若法人曾因非暴力、非经济犯罪（如交通肇事、轻微治安处罚）且已服刑完毕，部分地区可能允许办理特行证，但需满足其他条件（如无正在服刑、无未了结法律纠纷）。
   若法人涉及暴力犯罪、毒品犯罪、组织卖淫、赌博等严重违法犯罪，或案底与旅馆业直接相关（如曾因经营旅馆发生重大安全事故、容留卖淫嫖娼被处罚），则可能被直接拒绝。

2. 地区政策差异
   旅馆业特行证由公安机关审核，各地对法人资格的要求存在差异。例如：

   • 部分城市明确要求法人“无犯罪记录”；
     
   • 部分地区仅核查“是否因故意犯罪受过刑事处罚”；
     
   • 少数地区可能对案底时间设置限制（如“案发超过5年且无再犯”）。
     建议：提前向当地公安机关治安部门或行政审批局咨询具体政策。

3. 替代方案与合规建议

   • 若法人因案底无法直接办理，可考虑变更法人（由无犯罪记录人员担任），或以公司名义申请（部分地区允许公司作为主体，仅核查法定代表人及主要管理人员）。
     
   • 申请时需提交完整材料（如营业执照、场所合法证明、消防安全证明等），并配合公安机关实地核查，确保场所符合安全标准。
     

提示：旅馆业特行证审核严格，涉及公共安全，建议提前自查法人及关键管理人员背景，避免因资格问题耽误经营。如有具体案底情况或地区政策疑问，可进一步向我说明，我会结合实务经验为您分析。