针对自然资源立案中拒不配合调查的情况，我国相关法律法规有明确的规定和处理流程。以下是详细解答：
首先，根据《土地调查条例》（2018年修正）的相关规定，接受调查的单位和个人如果拒绝或者阻挠土地调查人员依法进行调查，将面临一系列法律责任。具体来说，县级以上人民政府国土资源主管部门有权责令其限期改正，并可以处以5万元以下的罚款。如果这种行为构成违反治安管理行为，公安机关将依法给予治安管理处罚。更为严重的是，如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
那么，在实际操作中，自然资源部门会如何处理这种情况呢？以下是具体的处理流程：
立案责任：自然资源部门在发现拒绝或阻挠调查的行为后，会进行审查，并决定是否立案。这是整个处理流程的第一步，也是确保后续措施合法性的基础。
调查责任：一旦立案，自然资源部门会指定专人负责，及时组织调查取证。在调查过程中，执法人员需要出示执法证件，确保调查的合法性和公正性。同时，执法人员也会听取当事人的辩解陈述，并作记录。如果执法人员与当事人有利害关系，还需要进行回避。
审查责任：调查完成后，自然资源部门会对案件调查报告进行审查。这包括违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面。通过审查，确保处罚决定的合法性和合理性。
告知责任：在作出行政处罚决定前，自然资源部门会制作《行政处罚通知书》送达当事人。这既是告知当事人违法事实，也是保障其陈述、申辩等权利的重要环节。如果符合听证规定，还会制作并送达《行政处罚听证告知书》。
决定责任：经过审查并告知后，自然资源部门会制作行政处罚决定书。这份决定书会载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容，是处罚决定的正式文件。
送达责任：最后，行政处罚决定书会按法律规定的方式送达当事人。这标志着整个处理流程的结束，也是当事人履行处罚决定的开始。
此外，如果自然资源主管部门的工作人员在处理过程中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，也将依法承担相应的法律责任。这既是对工作人员行为的约束，也是对当事人权益的保障。
综上所述，自然资源立案中拒不配合调查的行为将面临严格的法律责任和处理流程。当事人应当积极配合调查，避免不必要的法律后果。同时，自然资源部门也应依法依规进行处理，确保执法的公正性和合法性。