当自然人不配合组织调查时，可以采取以下措施来应对：

1. 明确调查的法律依据与目的：

   • 首先，需要确保调查行为本身具有明确的法律依据，比如是基于法律授权、合同约定或是法院、仲裁机构的委托等。
   • 向被调查人清晰说明调查的目的、范围及法律依据，增加其配合调查的意愿。很多时候，自然人不配合可能是因为对调查的目的和必要性存在误解或疑虑。

2. 采取合法合规的调查手段：

   • 在调查过程中，必须严格遵守法律法规，不得采取非法手段如威胁、恐吓、非法拘禁等强迫被调查人配合。
   • 可以依法向被调查人发出书面调查通知，要求其在规定时间内提供相关资料或接受询问。
   • 若被调查人拒绝配合，且调查行为具有法律强制性（如法院调查令），可依法申请相关机关协助执行，如法院可依法对妨碍民事诉讼的行为采取强制措施。

3. 考虑被调查人的权利与利益：

   • 在调查过程中，应尊重被调查人的合法权益，如隐私权、商业秘密等。
   • 若调查可能涉及被调查人的敏感信息或利益，应事先告知并取得其同意，或在法律允许的范围内进行保密处理。

4. 寻求第三方协助或调解：

   • 若直接沟通无果，可以考虑邀请第三方机构或个人（如行业协会、调解组织等）介入，协助进行沟通与调解。
   • 第三方机构或个人往往具有中立性和专业性，能够更有效地促进双方的理解与配合。

5. 法律后果的告知与警示：

   • 向被调查人明确告知不配合调查可能面临的法律后果，如罚款、拘留、承担法律责任等。
   • 通过法律后果的警示，增加被调查人配合调查的紧迫感和必要性。

6. 记录与证据收集：

   • 在整个调查过程中，应详细记录被调查人的不配合行为及沟通情况。
   • 收集并保存相关证据，如书面通知、录音录像、证人证言等，以备后续可能的法律程序使用。

特殊情况下的应对策略：

• 若被调查人为关键证人：

  • 在刑事案件中，若被调查人为关键证人且拒绝配合，可依法向法院申请证人出庭作证令，强制其出庭作证。
  • 在民事案件中，若证人拒绝出庭作证，且其证言对案件结果具有重大影响，可考虑通过其他证据来佐证案件事实。

• 若被调查人为涉案当事人：

  • 若被调查人为涉案当事人且拒绝配合调查，可依法向法院申请强制执行调查令或采取其他强制措施。
  • 同时，应积极收集其他证据来支持案件主张，降低对被调查人配合的依赖度。

总结与建议：

面对自然人不配合组织调查的情况，应首先确保调查行为的合法性与合规性，然后通过明确调查目的、采取合法手段、考虑被调查人权益、寻求第三方协助、告知法律后果以及记录与证据收集等措施来应对。在特殊情况下，如被调查人为关键证人或涉案当事人时，应依法采取更为强硬的措施来确保调查的顺利进行。若遇到复杂或难以解决的问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。