针对村干部不配合调查的情况，可以按照以下步骤处理，我将从法律程序、救济途径、实务建议三个角度展开说明：

1. 明确调查主体与法律依据

• 若调查主体为政府职能部门（如纪委、监察委、农业农村局等）：
  根据《中华人民共和国监察法》《农村基层干部廉洁履行职责若干规定（试行）》等，村干部有义务配合行政机关的合法调查。若拒绝配合，可由调查机关出具书面《责令配合调查通知书》，明确法律后果（如警告、处分等）。
  实务建议：保留调查通知、送达回证等证据，若村干部仍拒不配合，可向其上级主管部门（如乡镇政府）书面反映，要求督促履行职责。

• 若调查主体为村民或村民代表（如村务监督委员会、村民会议）：
  根据《中华人民共和国村民委员会组织法》，村民对村务有知情权、监督权，村干部需配合村民合理查询。若拒绝配合，村民可联名向乡镇政府提出书面申请，要求乡镇政府责令村干部公开信息或接受质询。
  实务建议：联名申请需附村民签名及具体调查事项说明，避免因程序瑕疵影响效力。

2. 启动法律救济程序

• 行政救济途径：
  若村干部行为涉嫌违纪（如贪污、滥用职权），可向县级纪委监委实名举报，提交证据材料（如录音、书面拒绝配合的证明等）。纪委监委调查后，若查实违纪，可给予警告、撤职等处分。
  法律依据：《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国公职人员政务处分法》。

• 民事救济途径：
  若村干部不配合导致村民集体利益受损（如村集体资产流失），村民可推选代表向法院提起村民自治权益纠纷诉讼，要求村干部履行法定职责或赔偿损失。
  实务建议：需提前收集村干部不配合的证据（如会议记录、证人证言）及损失关联性证明。

• 刑事救济途径：
  若村干部行为涉嫌犯罪（如职务侵占、破坏选举），可直接向公安机关报案，由公安机关立案侦查。
  关键点：需提供初步证据证明犯罪事实（如账目异常、证人指认）。

3. 实务操作中的注意事项

• 证据固定：
  所有沟通（如电话、微信）尽量书面化，保留送达凭证（如快递回执、短信截图）；若村干部当面拒绝，可邀请无利害关系第三方在场见证并制作笔录。

• 分级反映：
  优先通过村内协商、乡镇政府协调解决，若无效再启动法律程序，避免矛盾激化。例如，可先向村党支部书记反映，再向乡镇纪委或农业农村办提交书面材料。

• 避免侵权：
  调查过程中需遵守法律程序，不得采取威胁、暴力等非法手段，否则可能涉嫌侵犯公民人身权利，需承担法律责任。

总结：村干部不配合调查的处理需结合调查主体、行为性质选择对应途径，核心是固定证据、依法维权。若您有具体案例细节（如调查事项、村干部拒绝方式等），可进一步向我说明，我会结合实务经验为您制定更精准的方案。