若自然资源系统回复群众不予立案，群众可采取以下措施来维护自身权益：

1. 核实不予立案的依据与理由
   首先，群众应仔细审查自然资源系统给出的不予立案通知书或相关回复，明确其不予立案的具体法律依据和事实理由。这有助于群众判断不予立案决定是否合法合理，并为后续的申诉或复议提供方向。

2. 申请行政复议
   若群众认为自然资源系统的不予立案决定存在错误或不当，可以在收到不予立案决定书之日起一定期限内（通常为60日，具体以当地规定为准），向作出不予立案决定的自然资源系统的上一级主管部门或同级人民政府申请行政复议。行政复议机关将对不予立案决定的合法性、合理性进行审查，并作出复议决定。

3. 提起行政诉讼
   若群众对行政复议结果仍不满意，或者认为自然资源系统的不予立案决定直接侵犯了其合法权益，可以在收到复议决定书之日起一定期限内（通常为15日，具体以当地规定为准），或者在不申请行政复议的情况下，直接向人民法院提起行政诉讼。法院将对案件进行审理，并作出判决。

4. 寻求法律援助或咨询
   在整个过程中，群众若遇到法律难题或不确定如何操作，可以寻求法律援助机构的帮助，或者向我这样的专业律师进行咨询。我可以根据群众的具体情况，提供针对性的法律建议和指导，帮助群众更好地维护自身权益。

5. 关注程序合法性
   在采取上述措施时，群众还应关注整个程序的合法性，确保自己的申诉或诉讼行为符合法律规定。例如，注意申请行政复议或提起行政诉讼的期限、提交的材料是否齐全等，以免因程序问题而影响自身权益的维护。