当工程经理卷款逃跑时，这确实是一个复杂且敏感的问题，需要根据款项的性质采取不同的应对措施。以下是一些详细的建议，希望能帮助您解决这一困境：

一、确定款项性质

首先，要明确卷走的款项是公司款项还是个人与工程经理之间的经济往来（如借款或委托理财）。这一步骤至关重要，因为它将决定后续的法律行动方向。

二、公司款项的处理方式

1. 收集证据：

   • 转账记录
   • 业务合同
   • 财务报表
   • 其他相关文件或记录

2. 报案：

   • 携带收集到的证据，向当地公安机关报案。
   • 说明情况，让警方立案侦查。
   • 如果证据充分，工程经理可能涉嫌职务侵占罪。

3. 法律行动：

   • 配合警方调查，提供必要信息。
   • 如有需要，可咨询专业律师，了解进一步的法律追诉途径。

4. 及时止损与财产保全：

   • 立即采取措施，防止损失进一步扩大。
   • 必要时，向法院申请财产保全，冻结工程经理名下资产，确保后续执行。

三、个人经济往来的处理方式

1. 收集证据：

   • 借条
   • 聊天记录
   • 转账凭证
   • 其他能够证明经济往来的文件或记录

2. 法律诉讼：

   • 携带证据，向当地法院提起民事诉讼。
   • 要求工程经理返还钱款，并承担相应法律责任。

3. 财产保全：

   • 为防止工程经理转移资产，可向法院申请财产保全。
   • 冻结其名下相关资产，以保障后续执行。

四、其他建议

1. 保持冷静与理智：

   • 面对这种情况，保持冷静至关重要。
   • 不要盲目采取行动，而是应该仔细分析情况，制定合理的解决方案。

2. 寻求专业帮助：

   • 如果对法律程序不熟悉，建议咨询专业律师或法律顾问。
   • 他们可以提供更具体的法律建议和指导。

3. 预防与监管：

   • 加强对工程经理的监管和审核机制。
   • 定期进行财务审计和风险评估，以预防类似事件再次发生。

总之，当工程经理卷款逃跑时，我们应该根据款项的性质采取不同的应对措施。通过收集证据、报案、法律诉讼和财产保全等手段，我们可以尽力追回损失并维护自身权益。同时，也要加强预防和监管机制，避免类似事件再次发生。