公司可以通过法律途径追回被项目经理拿走的工程款，具体可从刑事控告、民事诉讼、内部追责三个方向着手。以下是详细分析：

一、刑事控告：以“职务侵占罪”或“合同诈骗罪”追究责任

若项目经理利用职务便利，将工程款非法占为己有（如伪造签字、虚构支出、私自转账等），且数额较大（通常6万元以上），公司可向公安机关报案，控告其涉嫌职务侵占罪（《刑法》第271条）。若项目经理以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中骗取工程款（如虚构项目、伪造合同），则可能构成合同诈骗罪（《刑法》第224条）。

操作要点：

1. 收集证据：包括合同、付款凭证、项目经理签字文件、银行流水、内部审批记录等，证明款项被非法侵占或骗取；
   
2. 报案材料：撰写《刑事控告书》，详细说明事实经过、金额计算及法律依据；
   
3. 跟进立案：若公安机关不予立案，可申请复议或向检察院申请立案监督。

优势：刑事程序启动后，公安机关可冻结项目经理财产，追缴赃款返还公司；若定罪，项目经理可能面临刑罚，形成威慑。

二、民事诉讼：以“不当得利”或“侵权责任”主张返还

若刑事路径不畅通（如证据不足），公司可直接向法院起诉项目经理，要求返还工程款。法律依据包括：

1. 不当得利（《民法典》第122条）：项目经理无合法依据取得工程款，造成公司损失，应返还；
   
2. 侵权责任（《民法典》第1165条）：项目经理故意侵占公司财产，需赔偿损失。

操作要点：

1. 准备证据：与刑事控告类似，需证明款项归属公司、项目经理非法取得；
   
2. 财产保全：起诉同时申请法院冻结项目经理银行账户、房产等财产，防止转移；
   
3. 执行程序：胜诉后若项目经理拒不还款，可申请强制执行，法院可查封、拍卖其财产。

优势：民事诉讼门槛较低，只需证明“非法占有”事实，无需达到刑事“排除合理怀疑”标准；执行到位后可直接追回款项。

三、内部追责：核查公司管理漏洞，追究相关人员责任

若项目经理跑路暴露公司管理问题（如财务审批松懈、合同监管缺失），公司需同步启动内部追责：

1. 对直接负责的主管人员（如财务总监、项目负责人）追责，可能涉及失职渎职；
   
2. 完善制度：修订《财务管理制度》《合同审批流程》，明确工程款支付需多人联签、定期审计；
   
3. 培训员工：加强法律风险意识，防止类似事件再次发生。

提示：若项目经理与外部单位勾结（如分包商、供应商），公司可同时起诉该单位，要求返还款项或赔偿损失。

总结：公司应优先尝试刑事控告，利用公权力追缴款项；若证据不足，立即启动民事诉讼并申请财产保全；同时核查内部管理漏洞，避免重复风险。具体操作需结合证据情况，建议尽快委托律师介入，制定针对性方案。