关于二手门市房（商铺）如何交税的问题，这涉及到买卖双方需要共同承担的一系列税费。以下是对这些税费的详细解释：
首先，二手房交易税费是根据成交价或评估价（取两者中较高者）来计算的。对于商用用房或面积大于144平米的房产，税率为3%；其他情况则为1.5%。
其次，交易过程中还会产生一些其他费用，包括：
交易服务费：按照建筑面积每平方米3元来计算。
交易印花税：按照成交价或评估价（高者）的0.05%来收取。
产权转移登记费：基础费用为50元，每增加一个共有人需要加收10元；如果买家是单位，则费用为80元。
此外，还有一些特殊税费需要注意：
土地出让金：有多种计算方式，可能是成交价或评估价（高者）的1%，或者按照基准地价、未交土地出让金的建筑面积等因素来计算。
个人所得税：通常为成交价或评估价（高者）的1%。但如果是房改房且自用满五年，且是唯一生活用房，则可以免征个人所得税。
营业税及附加税：如果房产证或购买时契税完税证未满五年，则需要缴纳成交价或评估价（高者）的5.5%作为营业税及附加税。
最后，根据《中华人民共和国契税法》的规定，契税的税率通常为3—5%，具体税率由省、自治区、直辖市人民政府根据地区实际情况确定，并报财政部和国家税务总局备案。
总的来说，二手门市房的交易税费相对复杂，涉及多个方面和计算方式。在进行交易时，建议买卖双方详细了解并咨询当地税务部门或专业机构以确保正确缴纳税费并避免不必要的纠纷。