在办理门市房（商业用房）的房本时，确实需要缴纳一系列税费。这些税费根据买卖双方在交易中的角色以及房屋的具体情况而有所不同。以下是对买方和卖方在办理门市房房本时可能需要缴纳的税费的详细解答：
买方需要缴纳的税费
契税
- 契税的税率根据房屋的建筑面积和地区政策有所差异。
- 一般而言，建筑面积在90平米以内的门面房，契税税率为1%；建筑面积在90平米至144平米之间的门面房，契税税率为1.5%；建筑面积超过144平米的门面房，契税税率可能为3%或4%，具体税率由各省、自治区、直辖市人民政府在规定幅度内确定。
- 计税依据通常为房屋的成交价格或评估价，计算方式为：应纳税额 = 计税依据 × 税率。
印花税
- 印花税税率为0.05%。
- 计算方式为：应纳税额 = 合同金额 × 0.05%。
登记费及权证印花税
- 登记费通常根据地区规定有所不同，但一般为每本550元。若增加证书，可能需按每本10元支付工本费。
- 部分地区可能还收取房地产交易手续费，费用根据商铺面积计算，具体标准由当地政策确定。
- 权证印花税为每本5元。
卖方需要缴纳的税费
增值税
- 增值税的税率和计算方式根据不动产的取得时间和类型有所不同。
- 一般纳税人转让2016年4月30日前取得（不含自建）的不动产，可选择简易计税方法，税率为5%。
- 一般纳税人转让2016年5月1日后取得（不含自建）或自建的不动产，适用一般计税方法，税率为9%，并需考虑进项税额。
- 小规模纳税人转让不动产，无论是否自建，均按照5%的征收率计算应纳税额。
- 个人销售购买2年以上（含2年）的住房，在多数地区免征增值税；但在部分一线城市如北京、上海、广州、深圳，个人销售购买2年以上（含2年）的非普通住房，需按差额的5%缴纳增值税。
土地增值税
- 土地增值税的计算方式为：增值额 = 转让收入 - 扣除项目金额。扣除项目包括土地使用权成本、开发成本等。
- 税率实行四级超率累进税率，从30%到60%不等。
- 个人销售住房暂免征收土地增值税。
个人所得税
- 个人所得税的计算方式为：应纳税所得额 = 转让收入 - 房屋原值 - 转让过程中缴纳的税金 - 合理费用。税率为20%。
- 个人转让自用达5年以上且为唯一家庭生活用房的所得，暂免征收个人所得税。
印花税
出租门市房涉及的税费
若购买的门市房用于出租，出租方还需根据租金收入缴纳以下税费：
- 房产税：税率为12%，依照房产租金收入计算缴纳。
- 个人所得税：根据收益金额和税法规定而定，税率一般为20%。
结论与建议
购买和出售门市房涉及的税费种类较多，且部分税费存在地区差异和政策调整的可能。因此，在实际操作中，建议买卖双方在交易前务必咨询当地的税务部门或专业律师，以确保准确了解所需缴纳的税费及相关规定。这样可以避免不必要的法律风险和经济损失，确保交易的顺利进行。