建设工程合同印花税是双方都需要缴纳的。根据《中华人民共和国印花税法》的规定，在中华人民共和国境内书立应税凭证的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。建筑工程合同的双方，即发包人和承包人，在签订书面合同时，都应根据《印花税税目税率表》规定各自计算并缴纳相应的印花税。因此，对于同一个建设工程合同，双方都需要分别缴纳印花税，而不是由一方代缴或合计缴纳。