结论前置：公司扣除个人所得税但未实际缴纳是违法行为，您有权采取一系列措施维护自己的合法权益。

一、法律依据与责任明确

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条，扣缴义务人（即公司）应扣未扣、应收而不收税款的，税务机关将向纳税人追缴税款，并对扣缴义务人处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。这表明，公司作为扣缴义务人，有责任按时足额地将扣除的个人所得税缴纳给税务机关。

二、维权步骤与具体操作

1. 核实扣税情况

   • 查看工资条与银行流水：工资条能显示工资构成及个税扣除金额，银行流水则反映实际到账工资。通过对比两者，可初步判断公司是否扣除了个税但未缴纳。
   • 查询个税扣缴记录：登录个人所得税APP或访问税务机关网站，查询您的申报记录，确认税款是否已被申报但未被缴纳。
   • 检查劳动合同：查阅劳动合同中关于薪酬、税费扣缴的条款，明确双方在个税缴纳方面的权利和义务。

2. 与公司沟通协商

   • 在收集到足够证据后，首先尝试与公司的财务部门或人力资源部门进行沟通，指出问题并要求其作出解释和补缴税款。
   • 保留好沟通记录，如书面沟通函、邮件等，作为后续维权的依据。

3. 向税务机关举报

   • 若公司拒绝承认错误、推诿责任或拒绝补缴税款，您可向当地主管税务机关举报。
   • 携带收集好的证据材料（如工资条、银行流水、个税扣缴记录等）前往办税服务厅，详细说明情况并提交证据。税务机关将依法对公司进行调查核实，并可能责令其限期补缴税款及处以罚款。

4. 申请劳动仲裁或提起诉讼

   • 若税务机关的处理结果未能满足您的诉求，或公司的行为造成了其他损失（如影响个人信用记录），您可考虑通过劳动仲裁或诉讼解决纠纷。
   • 准备仲裁申请书、相关证据材料等，向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。如对仲裁裁决结果不满意，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。

三、总结与建议

公司扣除个人所得税但未实际缴纳是严重的违法行为，不仅损害了您的合法权益，也破坏了国家的税收秩序。在发现此类问题时，您应及时采取措施维护自己的权益。同时，建议您在日常工作中保持警惕，定期核查个税缴纳情况，确保自己的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。