对于《工伤保险条例》第六十二条第三款中提到的“新发生的费用”，确实在实际应用中可能会产生一些分歧。首先，我们要明确这一条款所指的“新发生的费用”具体是什么。
根据《工伤保险条例》及人力资源社会保障部关于执行该条例的若干意见，“新发生的费用”是指用人单位在参加工伤保险前，其职工已经发生工伤，而在参加工伤保险后，这些工伤职工又新产生的相关费用。这些费用包括但不限于工伤医疗费、工伤康复费、住院伙食补助费、统筹地区以外就医交通食宿费、辅助器具配置费、生活护理费，以及对于一级至四级伤残职工来说的伤残津贴，还有在参保后解除劳动合同时的一次性工伤医疗补助金。对于因工死亡的职工，新发生的费用则包括符合条件的供养亲属抚恤金。
在实际操作中，对于这些“新发生的费用”的分歧可能主要集中在以下几个方面：
费用范围的界定：具体哪些费用可以被认定为“新发生的费用”可能存在争议。例如，某些特殊的康复费用或者辅助器具配置费用，是否应该被纳入工伤保险基金的支付范围，可能需要根据具体情况进行判定。
支付责任的划分：对于已经参加工伤保险的用人单位，其工伤职工新发生的费用应该由工伤保险基金支付。但是，在实际操作中，可能会存在工伤保险基金与用人单位之间对于支付责任划分的争议，特别是在一些边缘情况或者特殊案例下。
时间点的确定：如何确定“参保后新发生”的时间点也是一个可能产生分歧的地方。例如，对于某些持续性的治疗或者康复费用，如何界定其是在参保后新产生的，可能需要依据具体的医疗记录和时间线来进行判断。
为了解决这些分歧，建议在实际操作中，相关各方（包括用人单位、工伤保险基金管理机构、工伤职工及其家属等）应该加强沟通和协作，共同明确费用的范围、支付责任以及时间点的确定等关键问题。同时，也可以寻求专业法律人士或者相关部门的帮助和指导，以确保工伤保险制度的公平、公正和有效实施。