在起诉个体工商户时，应当使用其统一社会信用代码而非工商注册号。以下是详细分析：

结论前置：在“三证合一，一证一码”登记制度下，个体工商户的统一社会信用代码已成为其在全国范围内的唯一身份识别码，因此起诉时应使用该代码。

一、制度背景

自2015年10月1日起，我国推行了“三证合一，一证一码”登记制度改革。这一改革将工商营业执照、组织机构代码证和税务登记证合并为一张加载统一社会信用代码的营业执照。对于个体工商户而言，这一改革意味着其注册号和统一社会信用代码实现了融合，统一社会信用代码成为了个体工商户的唯一身份标识。

二、使用统一社会信用代码的原因

1. 唯一性：统一社会信用代码是全国范围内唯一的，能够准确标识个体工商户的身份，避免混淆。
2. 全国性：该代码在全国范围内通用，便于跨部门业务办理和监管，也便于在全国范围内的法律诉讼中准确识别被告。
3. 法律效力：统一社会信用代码作为个体工商户的法定身份标识，具有法律效力，是起诉时必须使用的正确标识。

三、实际操作

在起诉个体工商户时，原告应当在其起诉状中明确写明被告的统一社会信用代码。这通常可以通过查询被告的营业执照或在全国企业信息公示系统（http://www.gsxt.gov.cn）中输入企业全称或统一社会信用代码进行查询获取。

综上所述，起诉个体工商户时，应当使用其统一社会信用代码作为被告的身份标识。这一做法符合我国“三证合一，一证一码”登记制度的改革要求，也确保了法律诉讼的准确性和高效性。