办理《医疗机构制剂许可证》需要前往当地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门进行申请和办理。以辽宁省和北京市为例，具体办理部门分别为辽宁省药品监督管理局和北京市药品监督管理局。

在申请《医疗机构制剂许可证》时，需要准备一系列材料，包括但不限于：

1. 医疗机构制剂许可证申请表，该表需按照填表说明填写，内容应真实有效，信息核对准确无误，并由法定代表人亲笔签名并加盖公章。
2. 实施《医疗机构制剂配制质量管理规范》自查报告和医疗机构的基本情况，包括《医疗机构执业许可证》（在有效期内）。这些材料应真实、完整、清晰。
3. 市卫健委审核同意的书面审核意见批文，该材料同样需要真实、完整、清晰。
4. 拟设立制剂室的基本情况，包括制剂室的投资规模、占地面积、周围环境、基础设施等条件说明，以及相关负责人的简历和专业技术人员的比例等。这些材料也需要加盖公章并保证真实、完整、清晰。

办理流程一般包括受理、组织验收（或审查与决定）、审批及发证等环节。在提交申请后，药品监督管理部门将结合日常监管情况和医疗机构制剂配制质量体系运行情况，组织开展验收或审查。符合规定的，将换发或核发《医疗机构制剂许可证》；不符合规定的，将不予换发或核发，并可能核减相应的配制范围或依法注销原证。

请注意，不同地区的具体办理流程和要求可能有所不同。因此，在办理前建议咨询当地药品监督管理部门或相关机构以获取最准确的信息和指导。