医疗经营许可证，即《医疗机构执业许可证》，是由批准其设置的人民政府卫生行政部门发放的。具体来说：
国家统一规划的医疗机构：其设置由国务院卫生行政部门决定，执业登记则由所在地的省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门办理。
床位在100张以上的医疗机构和专科医院：按照省级人民政府卫生行政部门的规定申请执业登记。
不设床位或者床位不满100张的医疗机构：向所在地的县级人民政府卫生行政部门申请执业登记。这包括机关、企业和事业单位设置的为内部职工服务的门诊部、诊所、卫生所（室），它们的执业登记同样由所在地的县级人民政府卫生行政部门办理。
社会资本举办的医疗机构：根据《关于社会资本举办医疗机构设置审批管理权限的通知》，新办500张床位以下二级综合医院、二级及以下中医类医院等医疗机构的设置审批管理权限，可能下放至县、县级市卫生计生行政部门，或市级卫生计生行政部门，具体依据当地规定执行。
在申请医疗机构执业登记时，需要提交一系列材料，包括环保竣工验收合格证明、《医疗机构申请执业登记注册书》、《设置医疗机构批准书》等。申请流程通常包括受理、审查、审核、决定和办结送达等步骤。办理时限一般为45个工作日，但承诺期限可能更短，具体以当地卫生行政部门的规定为准。
此外，《医疗机构执业许可证》还需要进行定期校验，床位不满100张的医疗机构每年校验1次，床位在100张以上的医疗机构则每3年校验1次。校验由原登记机关办理。