医疗执业许可证是由相关卫生行政部门办理的。具体来说，根据《医疗机构管理条例》的规定，医疗机构的执业登记是由批准其设置的人民政府卫生行政部门负责办理。以下是关于办理医疗执业许可证的详细解答：
一、办理部门
- 对于国家统一规划的医疗机构的执业登记，由所在地的省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门办理。
- 对于机关、企业和事业单位设置的为内部职工服务的门诊部、诊所、卫生所（室）的执业登记，则由所在地的县级人民政府卫生行政部门办理。
- 社会资本新办的医疗机构，其设置审批管理权限根据床位数和医院类型有所不同，可能下放至县、县级市或市级卫生计生行政部门。
二、办理流程
- 申请阶段：申请人需要准备并提交一系列申请材料，包括医疗机构申请执业登记注册书、法定代表人及负责人身份证、房屋建筑设计或业务用房平面图、主要仪器设备清单目录、管理制度及技术操作规程等。
- 审核阶段：服务窗口首问责任人对申请材料进行审核，确保材料齐全且符合法定形式。若材料不全或不符合要求，将作出不予受理决定。若材料齐全，将进入专家现场评审环节。
- 审批阶段：专家现场评审后，由承办人、负责人及部门负责人依次进行审查、审核和审批，最终作出许可决定。
- 决定阶段：制作决定文件，并由服务窗口首问责任人通知申请人。申请人可以选择现场领取或快递送达证书。
三、办理时限
- 法定时限通常为45个工作日，但具体承诺时限可能因地区而异，有的地方可能缩短为15个工作日（不含现场勘查、专家论证时间）。
四、注意事项
- 《医疗机构执业许可证》有效期限为5年，到期后需要申请换证。
- 医疗机构需要每年按期申请校验，以确保其仍符合许可要求。
- 如果医疗机构发生名称、场所、主要负责人、诊疗科目、床位等变更，必须向原登记机关办理变更登记。
- 如果申请被拒，可能是因为材料不全、条件不符或存在违规行为等原因。
综上所述，办理医疗执业许可证需要按照相关法规和政策要求，向相应的卫生行政部门提交申请，并经过一系列审核和审批流程。希望以上解答能对您有所帮助。