您好，关于双方离婚后农村自建房的处理方式，这确实是一个需要综合考虑多方面因素的问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、农村自建房的产权归属判定

1. 婚后共同建造的房屋：

   • 这类房屋通常被视为夫妻共同财产。
   • 离婚时，双方应首先尝试通过协商来处理房屋的归属。
   • 如果协商无果，法院会根据双方的出资情况、建房时间、贡献大小等因素来作出判决。
   • 取得房屋产权的一方需要给予另一方相应的补偿，以确保公平。

2. 婚前一方建造，婚后共同居住的房屋：

   • 这类房屋一般被认定为婚前建造方的个人财产。
   • 离婚时，房屋归建房方所有。
   • 但建房方需要给予另一方适当的补偿，以体现对婚后共同居住和使用房屋的对方的权益保障。

3. 其他特殊情况：

   • 如果房屋是一方父母建造，且产权登记在父母名下，那么该房屋不属于夫妻共同财产，离婚时双方无权分割。
   • 如果婚后夫妻与父母共同出资建房，那么需要先进行析产，确定夫妻共同财产部分，再进行离婚分割。

二、处理建议

1. 友好协商：

   • 双方应首先尝试通过友好协商来解决房屋的归属问题。
   • 可以考虑一方得房并补偿另一方，或者将房屋出售并分割房款等方式。
   • 协商结果应在离婚协议中明确写明，以避免后续纠纷。

2. 准备证据：

   • 如果协商不成，需要诉至法院，那么双方应准备好建房出资、建房审批表等相关证据。
   • 法院会依据这些证据以及双方的贡献大小、照顾子女、女方和无过错方权益的原则来作出判决。

3. 了解当地政策：

   • 由于农村自建房涉及宅基地的使用权益问题，因此双方需要详细了解当地的宅基地政策。
   • 特别是关于离婚后一方是否还能继续使用原宅基地的规定，以及后续翻新、扩建等需求的相关约定。

三、注意事项

1. 确保处理合法：

   • 在处理农村自建房时，双方应确保所有处理方式都符合法律法规的要求。
   • 避免因违法处理而导致后续的法律纠纷和损失。

2. 保障双方权益：

   • 无论是协商还是诉讼，双方都应注重保障对方的合法权益。
   • 给予适当的补偿和照顾，以体现公平和人文关怀。

综上所述，双方离婚后农村自建房的处理方式需要根据具体情况来判定。建议双方首先尝试通过友好协商来解决房屋的归属问题，并准备好相关证据以备不时之需。同时，也需要详细了解当地的宅基地政策和相关法律法规，以确保处理方式的合法性和有效性。